Nascido no Porto, JPC passou a juventude em Moçambique, onde seu pai era missionário. Motivado por essa experiência, decidiu estudar antropologia social em Joanesburgo (BA Hons 1977, Univ. Witwatersrand, África do Sul).  Mais tarde, doutorou-se em Oxford (1982) com uma tese sobre a visão do mundo camponesa do Alto Minho (trad. portuguesa de Paulo Valverde, D. Quixote, Lisboa 1989). Fez a sua Habilitação na Universidade de Lisboa em 2001.

Encontrando-se entre os fundadores do curso de Antropologia do ISCTE e tendo sido investigador na Universidade de Southampton, JPC acabou por entrar permanentemente no ICS em 1986, onde hoje é Investigador Coordenador e Responsável pela Linha Temática “Identidades, Migrações e Religião.”  Foi Professor Visitante em várias universidades no Brasil, em Espanha, Moçambique, Macau e Estados Unidos da América. 

Foi Presidente fundador da Associação Portuguesa de Antropologia e foi membro fundador, Secretário (1995-1997) e Presidente (2003-2005) da Associação Europeia de Antropólogos Sociais.  Integrou também o grupo fundador da Universidade Atlântica da qual foi Reitor em 1996-1997.  Entre 1997 e 2004 foi Presidente do Conselho Científico do Instituto de Ciências Sociais, tendo dirigido a transformação do ICS em Laboratório Associado.

Foi Malinowski Memorial Lecturer (London School of Economics and Political Science, 1992); Distinguished Speaker (Society for the Anthropology of Europe, AAA, 1992); Stirling Memorial Lecturer, (University of Kent, UK, 2003); Oração de Sapiência (Univ. Lisbon 1999); Aula Ernesto Veiga de Oliveira (ISCTE 2006) e proferiu as palestras inaugurais do Programa de Pósgraduação em Antropologia Social da UNICAMP (Brasil, 2006) e do Mestrado em Antropologia Social da Universidade de Barcelona (2007).

A sua vasta obra trata em particular das relações entre o pensamento simbólico e o poder; a pessoa e o parentesco numa perspectiva comparativa; e a etnicidade em contextos pós-coloniais. O seu primeiro trabalho etnográfico foi sobre a sociedade rural do Alto Minho.  Em seguida, desenvolveu vários projectos de estudo sobre a família no sul da Europa abordada de uma perspectiva comparativa.  Na década de 90, prolongou o seu interesse nestas questões para abordar a relação entre família e etnicidade entre os euroasiáticos de Macau.  Tendo escrito vários ensaios sobre a transição pós-colonial em Moçambique, decidiu na década de 2000 dedicar-se ao estudo da relação entre pessoa e nomes na Bahia; tendo realizado trabalho de campo no Baixo Sul da Bahia.

É Membro Honorário da Associação Europeia de Antropólogos Sociais e do Royal Anthropological Institute.  É Membro correspondente da Real Academia de Ciencias Morais e Politicas de Madrid e da Academia de Ciências de Lisboa.